L’organisation d’Agapè est définie par sa structure canonique.
Les Membres
Les membres sont réunis en groupes de partage d’Évangile, sous la responsabilité d’aînés qui ont pour charge d’en assurer la cohésion et l’animation.
Les Aînés
Les ainés sont généralement deux pour animer la réunion. Ils veillent à l’expression de chacun, à la bonne compréhension du texte. Leur mission est de permettre à tous de repartir nourris tant au niveau théologique, spirituel que pratique.
Les Groupes
Les groupes d’une même ville sont réunis sous la responsabilité d’un veilleur.
Les Communions Locales
Les Communions locales sont sous la responsabilité Générale d’un Conseil qui élit son Serviteur lui-même aidé d’un assistant qu’il nomme. Dans sa mission, le Serviteur rend compte à l’évêque, au moins une fois par an, de l’activité de la Communion.